變頻器包括整流電路和逆變電路，輸入的交流電經過整流電路和平波回路，轉換成直流電壓，再通過逆變器把直流電壓變換成不同寬度的脈沖電壓（稱為脈寬調制電壓，PWM）。用這個PWM電壓驅動電機，就可以起到調整電機力矩和速度的目的。這種工作原理導致以下三種電磁干擾：
1、諧波干擾
整流電路會產生諧波電流，這種諧波電流在供電系統的阻抗上產生電壓降，導致電壓波型發生畸變，這種畸變的電壓對于許多電子設備形成干擾（因為大部分電子設備僅能工作在正弦波電壓條件下），常見的電壓畸變是正弦波的頂部變平。諧波電流一定時，電壓畸變在弱電源的情況下更加嚴重，這種干擾的特征是會對使用同一個電網的設備形成干擾，而與設備與變頻器之間的距離無關；
2、射頻傳導發射干擾
由于負載電壓為脈沖狀，因此變頻器從電網吸取電流也是脈沖狀，這種脈沖電流中包含了大量的高頻成分，形成射頻干擾，這種干擾的特征是會對使用同一個電網的設備形成干擾，而與設備與變頻器之間的距離無關；
3、射頻輻射干擾
射頻輻射干擾來自變頻器的輸入電纜和輸出電纜。在上述的射頻傳導發射干擾的情形中，變頻器的輸入輸出電纜上有射頻干擾電流時，由于電纜相當于天線，必然會產生電磁波輻射，產生輻射干擾。變頻器輸出電纜上傳輸的PWM電壓，同樣包含豐富的高頻的成分，會產生電磁波輻射，形成輻射干擾。輻射干擾的特征是，當其他電子設備靠近變頻器時，干擾現象變得嚴重。